《夏目友人帳》的動畫版故事計述的是一位因為看得見妖怪而被人類疏遠的女子夏目玲子，為了打發寂寞的日子，她向妖怪們發起挑戰，并將敗在自己手下的妖怪的名字寫在一紙契約上，以此做為妖怪們成為自己屬下的證據。 玲子的孫子夏目貴志得到了那些契約書所做成的“友人帳”，還繼承了玲子的力量，能看到不會顯現在人前的物體。而且也和玲子一樣成為了被周圍人疏遠的一員。 可是，作為唯一繼續了玲子血統的他卻做出了一個重要的決定：將玲子奪過來的姓怪們的名字一一歸還。在這樣的夏目的身邊，開始聚集起各種各樣的妖怪們…… 能看到妖怪的少年夏目貴志，與招財貓外表的妖怪喵先生一起，為大家講述一個奇異、悲傷，懷念、令人感動的怪談故事。