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故事發生在《星戰前傳：魅影危機》后的第10年，此時銀河系正處于一片混亂和動蕩之中。在變節的杜庫伯爵（克里斯托弗·李）策動下，有幾千個太陽星系決定一起脫離銀河系共和國獨立，然而銀河系共和國還不具備足夠的軍事實力來鎮壓這些分離主義份子，在武力不足的狀況下，銀河系共和國聯合議會決定組成臨時軍隊攻打分離主義份子，而其中的一名議員，也就是納波星球前任女王阿米達拉（娜塔麗·波特曼）卻力排眾意，極力反對這種以暴力對抗暴力的策略，因為這會引發銀河系內大規模的爭斗和屠戮，但并不是每個人都同意阿米達拉維護和平的決心，于是不斷有人密謀刺殺阿米達拉以達到自己不可告人的目的。

此時已經升任為杰迪武士老師的奧比王（伊萬·麥格雷戈）派出他的徒弟天行者阿納金（海登·克里斯滕森），負責保護阿米達拉的安全。在《星戰前傳》里還是十來歲小男孩的阿納金，此時已成長成英俊挺拔、身手不凡的少年。在護送阿米達拉前往安全避難所的路途中，一種青澀而微妙的感情開始在兩個年輕人心里滋生，這種感情無疑將會動搖阿米達拉一向以天下為己任的處事態度，也將會挑戰阿納金作為杰迪武士必須恪遵的“無怒、無憎、無情”的不二誓言……

與此同時，為了徹查星際沖突的根源，奧比王冒著生命危險深入到遙遠的海底世界，他發現，這個一向被認為是蠻荒之地的區域已被人秘密開發，無數的克隆人試驗正在緊鑼密鼓地實行，這一切甚至可能影響銀河共和國的未來命運，星際戰爭已經箭在弦上，一觸即發…