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此咒有大威德，若能念誦藥師真言，即可消除病苦，延年益壽。如言：“曼殊師利！若見男子女人有病苦者，應當一心，為彼病人，常清凈澡漱，或食，或藥，或無蟲水。咒一百遍，與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求，志心念誦，皆得如是，無病延年。命終之后，生彼世界，得不退轉，乃至菩提”。此言于此真言若自誦，若教人誦，皆得消災獲福者也。

“藥師灌頂真言”治理眾生，使得消災免難、去病卻苦。修持讀頌能拔一切業障、護持身心安康、得無量?；?。

由于藥師如來的弘深誓愿，無盡功德，一方面促使眾生早成佛道，另一方面也能滿足眾生現世的安樂和福報。清朝的玉琳國師一讀《藥師經》，便額手失聲，愿人人入如來的愿海。國師的《藥師經》題語說：“予見世人順境淪溺者不一，富貴可畏甚于貧賤。今此如來，使人所求如愿，遂從此永不退道，直至菩提。則欲于王臣長者，一切人中，作同事攝，不乘如來愿航，何從濟乎？”

又說：“若于現前富貴功名，未能志清，男女飲食之欲，未知深厭，則于往生法門，未易生信。即信矣，身修凈土，而心戀娑婆，果何益乎？則求其不離欲鉤，而成佛智，處于順境，不致淪胥者，固無如修持藥師愿海者之殊勝難思也。若能信行，久久不懈，知不獨富貴功名，轉女成男，難危迪吉，如如意珠，隨愿成就。即得于一切成就處，直至菩提，永不退轉，何幸如之！人間亦有揚州鶴，但泛如來功德船?！?/div>